神社の由緒は不明。天草では阿蘇十二神を祀る十五社神社が多く、御領神社もその一つです。
天草市指定文化財の「二の鳥居」は、天保十一年(1840)大庄屋の長岡興就により奉納されたものです。
そのころの天草は、日照り、作物病虫害、風水害、はやり病、大火などの天災、人災が島民を苦しめていました。
長岡興就公は、苦しむ島民を救うため、罰を受けるのを覚悟で、当時は御法度であった「越訴」を行った人物です。
石段を上がると拝殿の前に、大正十二年奉納の「天草型・玉くわえ型」の狛犬がいます。
例大祭は10月第4日曜日で、戦前から賑わいをみせています。